Sejarah berdirinya Badan Keuangan Daerah (BKD) Kota Salatiga, yakni dengan diberlakukannya otonomi daerah di Indonesia serta diperkuat dengan keluarnya Undang-Undang Nomor 32 Tahun 2004 tentang Pemerintah Daerah, sebagaimana telah diubah beberapa kali terakhir dengan Undang-Undang Nomor 12 Tahun 2008 dan Peraturan Pemerintah Nomor 25 Tahun 2000 tentang Kewenangan Pemerintah dan Kewenangan Propinsi sebagai Daerah Otonom
Berdasarkan ketentuan Undang Undang tersebut, maka pada tanggal 13 Desember 2004 dibentuk Dinas Pengelolaan Keuangan Daerah (DPKD) yang merupakan gabungan dari Dinas Pendapatan Daerah (DIPENDA) dan Bagian Keuangan Setda Kota Salatiga, dan dalam perkembangannya ssuai Peraturan Peerintah nomor 41 tahun 20017 dan Perda nomor 10 tahun 2008 tanggal 28 Oktober 2008 dibentuklah Dinas Pendapatan, Pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah (DPPKAD) yang merupakan gabungan dari Dinas Pengelolaan Keuangan Daerah (DPKD) dan Bagian Pengelolaan Barang Daerah Setda Kota Salatiga dan dalam perkembangan selanjutnya sesuai Perda Nomor 8 tahun 2011 tanggal 18 Nopember 2011, DPPKAD bertambah 2 bidang yang semula 5 bidang menjadi 7 bidang, dan adanya perubahan regulasi maka DPPKAD beubah kembali menjadi Badan Keuangan Daerah (BKD) sesuai Peraturan Daerah (Perda) Kota Salatiga Nomor 9 Tahun 2016 tentang Pembentukan dan Susunan Perangkat Daerah, ditindaklanjuti degan Peraturan Walikota Salatiga Nomor 48 Tahun 2016 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas dan Fungsi serta tata Kerja Badan Keuangan Daerah, adanya perampingan struktur organisasi yang semula 7 bidang berubah menjadi 4 bidang